Върховен орган на фондация “Център за младежки и социални изследвания” е Управителният съвет.
Управителният съвет се състои от учредителите на фондация “Център за младежки и социални изследвания”.
Управителният орган на фондация “Център за младежки и социални изследвания” е нейният Председател.